CN APM SA are datoria de a asigura depoluarea bazinului portuar prin colectarea reziduurilor lichide și solide la suprafața apei. Aceasta activitate este generatoare de deșeuri solide contaminate cu reziduuri de hidrocarburi.Din activitatea de preluare a deșeurilor de întreținere de la compartimentele funcționale ale companiei și de la navele care solicită predarea acestora rezultă și deșeuri din operațiunile de întreținere, din care fac parte: absorbanți, lavete, filtre de ulei, etc. Întrucât aceste deșeuri sunt clasificate ca reziduuri periculoase conform HG 856/2002, se impune gestionarea corectă din punctul de vedere al protecției mediului înconjurător.Pentru acest lucru reziduurile sunt predate unor firme specializate, autorizate, în vederea eliminării lor.